南朝宋文帝元嘉二十五年(448年),岐亭镇境域设为赤亭县。
隋唐时期,改称龙集县。
宋朝时期,废龙集县为镇,属麻城县治。
明嘉靖十年(1531年),在此设置通州府。
清康熙年间,黄州府在此设同知,建“清军府”“吉补府”,民间称“二府”。
辛亥革命,撤二府设岐亭为地方自治州。
民国十七年(1928年),划岐亭为。
1985年,为辖镇。
1987年9月,撤并乡,将原宋埠所辖的李钊乡,杨畈乡,大塘乡,岐亭镇合并为岐亭镇。